《民法典》第五百六十一条规定，“债务人在履行主债务外还应当支付利息和实现债权的有关费用，其给付不足以清偿全部债务的，除当事人另有约定外，应当按照下列顺序履行：（一）实现债权的有关费用；（二）利息；（三）主债务。”
如果合同约定了违约金，在债务人偿还部分债务时，应该将其偿还的部分先抵充违约金还是直接偿还本金，法律没有明确规定。实践中，不同地区的法院司法判例也不尽一致。
我认为，从立法目的的角度解释，应当先抵充违约金，有剩余部分再偿还本金。因为，《民法典》该条规定旨在保护债权人利益，债权人因债务人不能如约偿还债务所产生的损失、实现债权的费用是在主债务得到清偿之前的必要费用，已经提前发生。而这些必要费用、预期利益损失（利息）都是因债务人违约所导致的，故而债务人的部分履行应当先行抵偿。而违约金是当事人事先对合同违约可能导致的预期利益损失之不确定性的一种确定方法，本质上是对合同违约后当事人损失以及因此产生维权费用的补偿，与利息有同等的保护价值。因此，违约金应当与利息在同一顺位中履行或抵充。
实际上，由于在司法实务中的这方面争议现实存在，经济较为发达的浙江省早在2009年就由浙江省高级人民法院发布了《关于审理民间借贷纠纷案件若干问题的指导意见》，该意见第第二十五条第二款规定：“债务人除借款本金之外还应当支付利息和费用，当其给付不足以清偿全部债务时，并且当事人没有约定的，法院应当按照下列顺序抵充：（一） 实现债权的有关费用；（二） 利息或者违约金；（三） 借款本金。债权人主动放弃前述偿债顺序利益的，法院应当予以尊重。”
可见，司法实务中违约金在主债务之前抵充以保护债权人利益，有了《指导意见》的借鉴和指引，有心人可以据此查找浙江省相关的司法案例。若想在效力上更为确切和得到保障，可搜索浙江省案件经最高院终审的案例作为援引。
